ปัญหาของการคมนาคมในประเทศไทยนั้นมีอยู่ด้วยกันมากมายหลายด้าน ในส่วนของปัญหาสำคัญที่ผู้คนในสังคมมักพูดถึงอยู่เสมอนั้น ก็มักจะเป็นเรื่องของการขาดแคลนระบบขนส่งสาธารณะในต่างจังหวัด และปัญหาค่าโดยสารรถไฟฟ้าในกรุงเทพมหานครที่แพงเมื่อเทียบกับรายได้ของประชาชน ซึ่งเรื่องนี้มักเป็นเรื่องที่จะถูกหยิบยกมาใช้หาเสียงในแทบจะทุกเวทีเลือกตั้ง

แต่เมื่อพิจารณาดูทั้งสองปัญหาที่กล่าวถึงข้างต้นนั้น ก็จะพบว่าต้นตอของปัญหามาจากปัญหาใหญ่ 2 ประการ ซึ่งไม่ค่อยจะมีใครได้พูดถึงนัก คือ 1. การที่ประเทศไทยของเรามีการรวมศูนย์อำนาจอย่างเข้มข้นล้นเกิน จนองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่อยู่ใกล้ชิดปัญหาไม่ได้รับอำนาจเพียงพอที่จะเข้าไปแก้ไขได้ และ 2. การที่ภาครัฐไม่ได้มองโครงข่ายขนส่งสาธารณะอย่างเป็นระบบตั้งแต่ต้น ทำให้เมื่อมีความพยายามที่จะรวมระบบต่าง ๆ เข้าไว้ด้วยกัน เช่น การทำตั๋วโดยสารร่วมระหว่างรถไฟฟ้าแต่ละสาย จึงติดข้อจำกัดตามสัญญาที่ทำไว้กับเอกชนโดยขาดการวางแผนในตอนต้น

นอกจากปัญหาสำคัญสองประการที่กล่าวไปแล้วนั้น ประเทศไทยยังมีปัญหาในทางคมนาคมที่ฝังรากลึกอยู่อีกมาก เป็นต้นว่า การลงทุนโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ที่ซ้ำซ้อน เช่น การสร้างมอเตอร์เวย์ รถไฟทางคู่ และรถไฟความเร็วสูง ไปยังจุดหมายปลายทางจุดเดียวกัน โดยไม่ได้มีการคำนวณจำนวนผู้โดยสารที่เหมาะสม ซึ่งไม่มีความจำเป็น และเสี่ยงต่อการขาดทุนอย่างยิ่ง

นอกจากนี้ ยังมีปัญหาในการใช้การเมืองนำวิชาการ เช่น การซ่อมหรือสร้างถนนใหม่นั้นไม่มีหลักเกณฑ์ทางวิชาการมารองรับว่า ถนนเส้นใดควรที่จะได้รับการซ่อม/สร้างก่อน กลายเป็นว่าเมื่อใครมีอำนาจบริหาร ก็จะใช้อำนาจนั้นในการซ่อม/สร้างถนน ในเขตพื้นที่อิทธิพลของตนเองเพื่อเพิ่มคะแนนเสียงอยู่ร่ำไป