การจัดการขยะในประเทศไทยนั้นยังมีปัญหาอยู่มาก ที่สำคัญคือปัญหาการจัดการขยะไม่ถูกวิธี ซึ่งมีสาเหตุหนึ่งมาจากที่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นซึ่งมีหน้าที่ในการจัดการขยะในท้องถิ่นของตนเอง กลับไม่มีอำนาจและงบประมาณเพียงพอที่จะกำจัดขยะอย่างถูกวิธีและถูกสุขอนามัย พบว่าในประเทศไทยมีสถานที่กำจัดขยะที่กำจัดอย่างถูกวิธีและมีมาตรฐานเพียงแค่ 15 % จากทั้งหมด โดยปัจจุบันการกำจัดขยะนิยมใช้วิธีแบบฝังกลบ ซึ่งนำไปสู่ปัญหาสิ่งแวดล้อมไม่ว่าจะเป็นมลพิษในดิน มลพิษทางน้ำ และมลพิษทางอากาศ

นอกจากนี้ปัญหาการบริหารจัดการขยะภายในประเทศที่ไม่มีประสิทธิภาพและทำอย่างไม่ถูกวิธีแล้ว ไทยยังมีปัญหาเรื่องของการนำเข้าขยะจากต่างประเทศ เพื่อป้อนเข้าโรงงานกำจัดขยะและโรงไฟฟ้าจากขยะ เนื่องจากขยะในประเทศไม่ได้มีการแยกขยะอย่างถูกวิธี จึงไม่สามารถนำมาใช้ในโรงกำจัดขยะหรือโรงไฟฟ้าจากขยะ ได้ทั้งหมด