อำนาจในการจัดการศึกษายังกระจุกตัวอยู่ในกระทรวงศึกษาธิการ มีหน่วยงานในรูปแบบคณะกรรมการที่อยู่ในส่วนกลางมากเกินไป ทำงานซ้ำซ้อนกัน นอกจากนี้ยังมีหน่วยงานของกระทรวงศึกษาธิการกระจายอยู่ในส่วนภูมิภาค คือ ศึกษาธิการจังหวัด และศึกษาธิการภาค ทำให้สุดท้ายแล้วโรงเรียนไม่ได้มีอำนาจในการจัดการศึกษาที่เป็นอิสระเหมาะสมกับบริบทของตัวเอง อีกทั้งยังขาดการมีส่วนร่วมจากนักเรียน เยาวชน ผู้ปกครอง ตลอดจนท้องถิ่น และภาคประชาสังคมอย่างเพียงพอในการจัดการศึกษาตั้งแต่ระดับนโยบายจนถึงระดับโรงเรียน